Le Lignon, classé site Natura 2000 depuis ses sources jusqu'au barrage de Lavalette, fait partie du patrimoine naturel particulièrement remarquable en Europe. La gestion de ce site est animée par le SICALA de Haute-Loire. 4 espèces protégées par la Directive Habitats, présentes dans le Lignon entre Chenereilles et Chaudeyrolles, ont valu le classement du site Natura 2000 : la Moule Perlière et l'Ecrevisse à Pattes Blanches, la Loutre et le Castor d'Europe.

La plupart de ces espèces ont régressées et se situent aujourd'hui sur des foyers restreints, sauf la Loutre qui est la seule dont l'état de conservation est jugé favorable. La présence du Castor est également avérée sur le territoire de Fay-sur-Lignon au niveau d'Abriès, et l'on espère de meilleures conditions d'installation et de développement de l'espèce avec le projet de réhabilitation du Lignon au niveau de l'ancien plan d'eau et la restauration de zones de boisements alluviaux. L'écrevisse à pattes blanches, quant à elle, se réfugie de plus en plus en amont et sur des petits affluents préservés pour échapper à l'espèce invasive, dite Écrevisse de Californie, qui la concurrence et transporte un champignon qui lui est fatal (la peste de l’écrevisse). Enfin, notons l'extrême sensibilité et la particularité de la Moule perlière, qui bien que plus en aval (à partir du Mazet-Saint-Voy) est fortement dépendante du bon fonctionnement de la rivière qui l'abrite. Cette espèce devenue très rare a totalement disparu de 60 % des cours d'eau français du fait de sa très forte sensibilité à la dégradation de la qualité des eaux. Par ailleurs, une partie de son cycle vital est assuré par les truites fario sur lesquelles les larves se parasitent, ce qui rend sa reproduction encore plus difficile quand les truites ne peuvent pas accéder sur les zones où elle se trouve.

Les bonnes pratiques de gestion pour favoriser le maintien et le développement de ces espèces sont à adopter sur l'ensemble du site. Les objectifs retenus pour le site Natura 2000 et qui bénéficieront également à l'ensemble de l'écosystème Lignon sont :

• L'amélioration de la qualité de l'eau,
• La restauration de la continuité écologique,
• La restauration de la ripisylve (formation boisée des rives)

Les actions nécessaires pour atteindre ces objectifs peuvent être financés, entre autres, par l'Europe et l'Etat, dans le cadre d'un contrat Natura 2000. C'est par exemple le cas de certaines mesures agro-environnementales proposées aux agriculteurs ou du projet au niveau de l'ancien plan d'eau. A noter que la présence de la ripisylve contribue non seulement à la survie des espèces en tant qu'habitat, notamment pour le Castor et la Loutre, mais elle contribue à améliorer la qualité de l'eau par son rôle de filtre naturel et par l'ombrage qui évite le réchauffement de l'eau.